Der Gewässer- und Fischartenschutz ist ein zentrales Aufgabengebiet des VÖAFV, der bemüht ist, die natürlichen Fischbestände durch Fischbesatzmaßnahmen zu erhalten und wiederherzustellen. Gewässerrückbauten und die Errichtung von Fischaufstiegshilfen werden deshalb ebenso intensiv verfolgt wie die Erforschung der Fischarten und Fischbestände. Jährlich durchgeführte Gewässerreinigungsaktionen, bei denen Tonnen von Müll aus den Gewässern und von den Ufern entfernt werden, sind ein weiterer Beitrag des VÖAFV zum aktiven Umweltschutz.